Pagal Pridėtinės vertės mokesčio įstatymo (PVMĮ) nuostatas įmonės turi sumažinti pirkimo PVM atskaitą, jei įsigytos prekės vėliau bendrovė nepanaudoja PVM apmokestinamoje veikloje. Pavyzdžiui, jeigu įmonė tokias prekes nurašo. Sumažinus atskaitomą sumą, mokėtinas PVM bendrovei išauga. Nemažai tokių nurašymų pasitaiko prekybos, farmacinėse bei kitose bendrovėse, kurių prekės galioja ribotą laiką.

Pagal naująjį VMI paaiškinimą, jeigu įmonė įsigijo prekių, tačiau nespėjo jų parduoti dėl objektyvių priežasčių (sumažėjo prekių paklausa, pasibaigė galiojimo terminas), įmonė išlaiko teisę į PVM atskaitą. Teisė į PVM atskaitą PVM mokėtojui turėtų išlikti ir tuo atveju, jei jis prekes ar paslaugas įsigyja, tačiau tokios veiklos nepradėjo.
Jeigu įmonė įsigijo atsarginių dalių ar medžiagų įrengimams, tačiau jų nepanaudojo, nes įrengimai buvo atnaujinti, įmonė išsaugo teisę atskaityti pirkimo PVM nuo tokių atsargų. Tokia teisė įmonei išlieka tik tuomet, jeigu bendrovė veikia sąžiningai, o ne sukčiauja. Kiekviena įmonė turėtų saugoti dokumentus, įrodančius jos ketinimus.

Mokesčių administratoriaus poziciją pakeitė keli Europos Teisingumo Teismo (ETT) sprendimai. Viena iš bylų nagrinėjo atvejį, kai įmonė patyrė pirkimo PVM sąnaudų, bet savo veiklos taip ir nepradėjo. Pelningumo tyrimai parodė, jog neverta.
Kitoje byloje ETT konstatavo, jog atsiradus teisei į PVM atskaitą ji negali būti atimta, jei dėl objektyvių, nuo įmonės nepriklausančių priežasčių ji nepradėjo vykdyti PVM apmokestinamos veiklos. Buvo ir daugiau tokių bylų.
Visais šiais atvejais ETT paaiškino, kad įmonės išlaiko teisę į pirkimo PVM atskaitą, nes jos ketino užsiimti PVM apmokestinama veikla, tačiau dėl objektyvių priežasčių jos nepradėjo.

 Europos Teisingumo Teismas bylose tokią mokesčių mokėtojų teisę aiškina gana plačiai, tačiau VMI savo komentaruose ją susiaurina. VMI paaiškinime rašoma, jog PVM atskaita neturėtų būti tikslinama, jei įmonė elgiasi sąžiningai ir dėl objektyvių priežasčių prekės iš tikrųjų buvo sunaikintos. Pagal šį paaiškinimą įmonė turėtų saugoti dokumentus, įrodančius, kad prekės sunaikintos. Nė vienoje iš ETT bylų nekalbama apie prekių sunaikinimą, o VMI paaiškinime sunaikinimas yra pagrindinė sąlyga.
Mūsų nuomone, tam tikrais atvejais teisė į PVM atskaitą išlieka net ir tuomet, kai prekės nėra naikinamos. Tokią išvadą leidžia daryti Europos Teisingumo Teismo sprendimai. Kiekvieną atvejį reikia nagrinėti atskirai. Reikia atsižvelgti į priežastis, kodėl prekės buvo įsigytos ir kodėl nebuvo panaudotos PVM apmokestinamoje veikloje.

 Šį VMI paaiškinimą galima taikyti ir praėjusiems laikotarpiams. Jei ankstesniais laikotarpiais įmonė tikslino pirkimo PVM atskaitą dėl prekių nurašymo, ji galėtų patikslinti ankstesnių metų PVM deklaracijas ir susigrąžinti iš biudžeto PVM permoką. Kaip minėjome, prekių nurašymą turi lemti objektyvios priežastys.

 Iki šiol daugelis įmonių tikslindavo pirkimo PVM atskaitą, jei nurašydavo prekes ar atsargas. Po šio paaiškinimo kiekviena įmonė turėtų įvertinti tokio pirkimo PVM, kurį ankstesniais laikotarpiais grąžino į biudžetą, sumas ir nuspręsti, ar joms verta patikslinti ankstesnių laikotarpių PVM deklaracijas.